2002-2003-ban az olasz számvevőszék vezetésével működött az Európai Közösségek pénzügyi érdekeinek védelmét támogató munkacsoport (Working Group on the Protection of the Financial Interests of the Communities). A munkacsoportot abból a célból hívták életre, hogy megvizsgálják, milyen jogi keretek léteznek a tagállamokban, valamint elemezzék a számvevőszékek által a témához kapcsolódóan tett egyes lépéseket.

2002-ben állították fel a Strukturális Alapok munkacsoportot (Working Group on Structural Funds), amelyet a német számvevőszék vezet. A munkacsoportban résztvevő számvevőszékek koordinált ellenőrzéseket hajtanak végre aktuálisnak ítélt témákban (pl.: a támogatások irányítási és kontrollrendszere; a szabálytalanságok azonosításának, jelentésének és nyomon követésének folyamatai; az EU foglalkoztatásügyi és környezetvédelmi programjainak hatékonysága; a kontrollok költsége).

Az ÁFA munkacsoport (Working Group on VAT) 2002-től működik, elnöklete rotációs rendszerben, évente változik. A munkacsoport célja, hogy fórumot biztosítson az EU tagállamok ÁFA-rendszereinek működésével kapcsolatos tapasztalatok cseréjére, különös tekintettel az ÁFA-val összefüggő általános trendekre, a tagországok közigazgatási együttműködésére, az ÁFA-csalások révén bekövetkező veszteségek mérésére, a Közösségen belüli ÁFA-csalások kezelésére, illetve az ÁFA területén tapasztalható fejlemények nyomon követésére.

Az ellenőrzés minőségével összefüggő kérdéseket megvitató szakértői csoportot (Expert Group on Audit Quality) az EU tagjelölt és az EU-hoz csatlakozni kívánó országok számvevőszékeinek hálózata hívta életre abból a célból, hogy dolgozzon ki egy, az ellenőrzés minőségével összefüggő kérdéseket tárgyaló útmutatót. A magyar, máltai és lengyel számvevőszéki munkatársakból, valamint az ECA és a SIGMA képviselőiből álló szakértői csoport a hivatkozott útmutató elkészítését, illetve nyilvánosságra hozatalát követően 2007-ben befejezte tevékenységét.

2004-ben, az ír számvevőszék vezetésével állították fel a Közbeszerzési munkacsoportot (Working Group on Public Procurement), amely azt a célt tűzte ki, hogy különböző dokumentumokat dolgoz ki a közbeszerzési funkció és folyamatok vizsgálatát végző ellenőrök számára, és ezeket az információkat egy honlapon nyilvánosságra hozza. Mivel a honlap tartalmát karban kell tartani, a belga és a szlovén számvevőszék magára vállalta a közbeszerzések tárgyában elkészített dokumentumok frissítésének koordinálását. A munkacsoport 2010-ben befejezte tevékenységét.

A holland irányítás alatt álló, 2004-2010 között munkacsoportként működő, az EU pénzeszközök tagállami felhasználásáról szóló számvevőszéki jelentésekkel foglalkozó hálózat (Network on National SAI Reports on EU Financial Management) magára vállalta az európai uniós pénzeszközök tagállami felhasználásáról szóló, nemzeti számvevőszékek által (önkéntes alapon) készítendő, éves jelentésekkel összefüggő munka támogatását. Felismerve az EU tagállami számvevőszékek működésének különbségeit, a munkacsoport ülései fórumot teremtenek a hivatkozott éves jelentések elkészítéséhez kapcsolódó együttműködésre, a megközelítések koordinálására, valamint a közös érdeklődésre számot tartó témák feldolgozására. A munkacsoport célul tűzte ki azt is, hogy az uniós alapokkal való gazdálkodás fejlődését mérő mutatószámokat dolgoz ki, amelyek lehetővé teszik a tagállamok közötti összehasonlítást.

Az EU tagjelölt és az EU-hoz csatlakozni kívánó országok számvevőszékeinek hálózata keretében 2002-ben felállított Közös ellenőrzési tevékenységek munkacsoport (Joint Working Group on Audit Activities) a hivatkozott országok, valamint az uniós tagállamok közötti gyakorlati együttműködést kívánja támogatni és elősegíteni. A munkacsoport a Kapcsolattartó Bizottság számára évente beszámolót készít, amelynek célja - többek között - a tagállami számvevőszékek, valamint az EU tagjelölt és az EU-hoz csatlakozni kívánó országok legfőbb ellenőrző intézményei közötti munkakapcsolatok élénkítése.

Az Európai Számvevőszék koordinációja mellett 2005 óta működő Mezőgazdasági hálózat (Agricultural Network) célja, hogy elősegítse az agrártámogatások felhasználásának ellenőrzésével összefüggő szervezeti és szakmai információk, valamint tapasztalatok cseréjét.

2007-2010 között működött az Európai Számvevőszék irányításával a Közös ellenőrzési standardok és összehasonlítható ellenőrzési kritériumok munkacsoport (Working Group on Common Auditing Standards and Comparable Audit Criteria), amelynek célja az EU alapok tagállami felhasználásának ellenőrzésével összefüggő, közös ellenőrzési standardok és összehasonlítható ellenőrzési kritériumok kidolgozása volt. A munkacsoport tájékoztató anyagokat készített arról, hogyan ellenőriznek az uniós tagországok legfőbb ellenőrző intézményei uniós alapokat, illetve szakpolitikákat az INTOSAI standardok keretein belül. Egy-egy ilyen dokumentum feltérképezi az egyes intézmények mandátumát és ellenőrzési tevékenységeit, illetve bemutatja a szabályszerűségi, valamint a teljesítményellenőrzést.