Az Állami Számvevőszék a témacsoportos ellenőrzések sorában állami tulajdonú gazdálkodó szervezeteket is ellenőriz, melynek keretében sor került a szegedi ELI-HU Kutatási és Fejlesztési Nonprofit Kft. gazdálkodásának értékelésére. Az ÁSZ a társaság 2011-2014 közötti vagyonmegőrzési és gazdálkodási tevékenységét ellenőrizte.